Nasceu em Alhandra a 13 de Março de 1851.
Aos onze anos entra para o seminário de Santarém onde faz os primeiros estudos e depois cursa o liceu da mesma cidade.
Vem a leccionar Matemática e Filosofia no 1º e 2º anos do curso do seminário, frequentando na mesma altura o 5º ano de Teologia.
Aos vinte e quatro anos recebe as ordens de presbítero com dispensa de idade.
Convidado pelo patriarca das Índias, Aires de Ornelas, vai exercer as funções de reitor do Seminário de Rachol mas permanece nessas funções pouco tempo pois tem de regressar ao continente por motivo de saúde.
Vai exercer então para o Seminário de Faro, funções de professor de ciências eclesiásticas, assumindo a vice-reitoria em 1882, substituindo por morte o Padre António José Reis.
Em 1884 foi nomeado cónego honorário da Sé de Faro e examinador pré-sidonal. Um ano depois foi agraciado com o oficialato da Ordem de Sant’Iago e a seguir elevado à categoria de Monsenhor camareiro secreto de Sua Santidade.
A Junta Geral do Distrito de Faro louvou-o pela sua colaboração no posto meteorológico D. Francisco Gomes do Avelar que fundou em 1894, a Câmara Municipal de Faro nomeou-o conservador, por distinção, do Museu Arqueológico e Lapidar Infante D. Henrique, de que tinha sido fundador. A ele se ficou devendo também o glossário das Principais Monumentos do Museu.
Dedicou-se ao estudo da arqueologia do Algarve, realizando explorações nas ruínas romanas do Milreu. Em Faro foi sempre uma figura de grande relevo social.
O seu nome faz parte da toponímia farense.
Pereira Boto veio a ser transferido para a Sé de Lisboa onde foi cónego e capelão da Casa Real, vindo a falecer nesta cidade no dia 23 de Janeiro de 1907.
Foi sócio da Academia das Ciências de Lisboa, da Associação dos Arqueólogos Portugueses, da Real Academia de História de Madrid, do Instituto de Coimbra, do Instituto Arqueológico do Algarve, da associação dos Arquitectos Civis, da Sociedade Martins Sarmento, de Guimarães, da Real Academia de Belas Artes, de Sevilha, da Associação Artística - Arqueológica de Barcelona, do Instituto 19 de Setembro, de Lisboa e da Sociedade Literária Almeida Garrett.
Foi-lhe oferecida em 1888 a mitra de Portalegre, que não veio a ocupar.
Em 1897 ofereceu à Academia de Ciências de Lisboa a cópia de um manuscrito com várias notícias sobre as lutas luso-francesas no Algarve, em 1810 e ao Instituto de França uma memória sobre o israelitismo em Portugal, facto que foi posto em destaque pela imprensa francesa.
Publicou vários trabalhos sobre arqueologia.
Depois da sua morte a Imprensa Nacional editou o Promptuário Analytico dos Carros Nobres da Casa Real Portuguesa e das Carruagens da Gala, obra que veio a ser utilizada para a organização do catálogo do Museu dos Coches, em Lisboa.
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Grande Enciclopédia Portuguesa e Brasileira
Algarviana, Subsídios para uma bibliografia do Algarve e dos Autores Algarvios, Mário Lyster Franco Vol. I, A – B, 1982
Lello Universal, Dicionário Enciclopédico Luso-Brasileiro
